Refonte de l’outil de mapping des métadonnées biologiques de notre client

Secteur : Pharmaceutique

Services : refondre l’outil de mapping des métadonnées biologiques

Technologies : Pipeline Pilot, Oracle SQL Developer

Mots-clés : Recueil des besoins, Conception de la base de données relationnelle, Création de l’interface de saisie, Test, Rédaction de la documentation, Administration

Points clés de la refonte de l’outil de mapping des métadonnées biologiques de notre client

Les groupes pharmaceutiques font face à de multiples sources de données biologiques, les traiter et les analyser est devenu une tâche difficile mais essentielle à leur activité de recherche.

Les collaborations de notre client avec d’autres groupes pharmaceutiques, des laboratoires ou encore des groupes de recherche universitaire rendent le travail de chargement et d’analyse des données  encore plus complexe.

Pouvoir charger, uniformiser et traiter rapidement les données biologiques issues de collaborations est devenu un réel enjeu. C’est dans ce cadre que prend place ce retour d’expérience !

Notre client souhaitait refondre l’outil, nous lui avons donc proposé  de mettre en place une base de données avec une interface de saisie permettant aux data managers de charger les données biologiques issues des différentes collaborations au format adéquat.

Nous avons accompagné notre client dans le secteur pharmaceutique dans la refonte de son outil par la conception d’une base de données relationnelle des métadonnées et une interface de saisie des données.

L’outil permet le chargement des données biologiques dans la base du client avec un traitement permettant la mise au format selon les conventions internes.

  • Pipeline Pilot
  • Modeler
  • Oracle SQL Developer

Contexte de notre accompagnement pour concevoir la base de données relationnelle des métadonnées biologiques de notre client

Notre client, un grand groupe pharmaceutique, réalise de nombreuses collaborations et échanges de données biologiques.

Par exemple, lors d’un rachat de société, il récupère les données biologiques pour les charger dans sa base de données. C’est aussi le cas lorsqu’il sous-traite des tests biologiques ou qu’il réalise un échange de données avec un partenaire sur un projet en particulier.

Ces types de partage et de collaboration se sont multipliés ces dernières années et l’outil existant ne pouvait plus répondre au chargement et au traitement des nombreuses données extérieures reçues.

En effet, l’outil de départ était un fichier Excel pouvant engendrer des erreurs de saisies et une non-conformité des données.

Notre client a donc pris la décision de réaliser une refonte complète de son outil.

Nous sommes en charge chez Infogene de la conception de la base de données relationnelle, de la création de l’interface de saisie sous Pipeline Pilot ainsi que de la gestion de projet, de la rédaction de la documentation technique et de l’administration de l’outil.

Pipeline Pilot est un logiciel utilisé par de nombreuses entreprises pharmaceutiques et cosmétiques permettant de créer des protocoles de traitement et d’analyse de données.

La principale caractéristique du produit est la possibilité de concevoir des flux de données à l’aide d’une interface utilisateur graphique. Pipeline Pilot est utilisé entre autres pour l’extraction, la transformation et le chargement de données (ETL), l’analyse et la visualisation de données. Il est également possible de mettre en place, grâce à ce logiciel, des interfaces utilisateur qui permettent la manipulation et l’analyse des données.

Les enjeux du projet de conception de la base de données relationnelle des métadonnées biologiques

L’enjeu principal de ce projet fut d’avoir une cohérence et une qualité des données biologiques issues de collaborations externes pour que celles-ci soient conformes avec les données déjà en base chez notre client. L’objectif est qu’elles puissent être plus facilement analysables et lisibles pour les scientifiques.

Pour répondre à cet enjeu, il a fallu se projeter. En effet, plusieurs partenaires n’utilisent pas tous les mêmes outils de partage de données. De ce fait, lors de la conception de l’outil, il a été nécessaire de réfléchir à l’éventualité où des collaborations externes utiliseraient de nouvelles sources de données ou composants afin que l’outil soit toujours opérationnel même en cas de nouveaux éléments.

L’idée est que le nouvel outil soit toujours opérationnel quel que soit le chargement de données, il était important d’être agile dans la conception.

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Nous avons réalisé les missions suivantes pour concevoir l’outil de mapping des données biologiques de notre client

Notre collaboratrice est intervenue sur toutes les phases du projet du recueil des besoins, en passant par la conception de la base de données relationnelle et de l’interface de saisie jusqu’à la rédaction de la documentation du guide d’utilisateur.

Le projet a pris fin en octobre 2018. Depuis, notre collaboratrice est en charge de nouveaux projets chez notre client ainsi que de l’administration de l’outil, notamment le développement des évolutions nécessaires pour que l’outil soit toujours opérationnel.

Une évolution V2 de l’outil est prévue courant 2022 afin d’assurer un niveau optimal de satisfaction des data managers en France et en Allemagne qui utilisent l’outil.

La prise de connaissance de l’outil utilisé et son environnement

L’analyse des flux de données autour de l’outil

Le recueil des besoins des Data Managers en France et Allemagne

L’animation des réunions de travail et la gestion de projet

La conception de la base de données relationnelle

La création de l’interface de saisie des données sous Pipeline Pilot

Le déploiement du schéma en test dans des bases oracle puis en production

La rédaction de la documentation et d’un User Guide

L’administration de l’outil : mise en prod des évolutions et maintien en condition opérationnelle

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PHARMA – refonte d’un outil de mapping de métadonnées biologiques

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